Microarray Data Mining 분석가 모임

lazymale · 2007-03-12, 06:53 PM

어쩌면 직접적으로 맥과 관련이 없는 글이라 새글 열기가 좀 조심스럽습니다만..

맥유저들과의 또 다른 형식의 만남을 갖고 싶어 한 번 올려봅니다.

전 국내 기업연구소에서 Microarray expression data를 분석하는 업무를 했었고(작년초까지),

지금은 조금 다른 일을 하지만(회사 사정상), 조만간에 다시 원래 업무로 복귀할 예정입니다.

사실 회사에서는 저 혼자 이 일을 했기에 저 나름대로 논문과 원서를 참고하여

일을 했었지만, 어딘가 부족한 면을 많이 느꼈습니다.

그래서 혹시 맥유저들 중에 microarray 분석업무를 하시는 분이 계시다면

study 모임을 가지고 싶습니다.

현재 학교에서 혹은 현업에서 실제로 data mining 업무를 하시는 분이어야만 서로

도움이 되는 유효한 모임이 될 것으로 생각됩니다. 전공은 무관하구요...

혹 관심이 있으신 분들은 아래 글타래를 형성해 주시면 고맙겠습니다.

따로 연락을 하실 분은 아래 메일이나 iChat으로 메세지 바랍니다.

e-mail : macple21@yahoo.co.kr
iChat : mgkang21@mac.com

misterx · 2007-03-12, 08:22 PM

microarray 이야기가 나와 반가운 마음에 한 자 적어봅니다.
대략 4-5년전에 Microarray 분석을 할 기회가 있었습니다.
당시 R을 사용해서 분석을 했었는데, 지금은 microarray를 다루지 않아 많이 잊어먹었네요. -_-;;

study에 참여하지는 않겠지만, 기쁜 마음에 끄적였습니다.
좋은 결실 거두시기 바랍니다. ^^

applebemore · 2007-03-12, 09:38 PM

MicroArray가 뭔가요?
데이타 마이닝은 아니지만, 인공신경망+패턴인식+기계학습 일은 좀 했었습니다.

lazymale · 2007-03-13, 01:19 AM

Microarray란 cDNA 혹은 oligonucleotide가 유리판이나 플라스틱판 상에 배열 형식으로 심어져 있는 chip을 말합니다. 이를 통해 세포나 조직 등의 유전자 발현 변화를 한꺼번에 관찰할 수 있습니다.
아마 전공자가 아니면 쉽게 이해하기 힘들겁니다.. ^^

죄송합니다. 실력이 없어서 자세히 설명은 못드리겠네요.
자세한 것은 위키피디아(DNA microarray - Wikipedia, the free encyclopedia)를 참조바랍니다.

applebemore · 2007-03-13, 01:24 AM

뉴클레오타이드는 알겠는데 올리고 접두사가 붙으면 뭐가 되는건가요?

신기해서 물어봅니다.

lulupon · 2007-03-13, 02:23 AM

올리고라는 접두사가 붙으면 많지 않은 갯수를 의미합니다.
올리고뉴클레오타이드 25mer 하면 25개의 뉴클레오타이드 시퀀스로 이루어진 조각을 의미하죠 ^^

전공관련분야의 분을 만나게 되서 반갑습니다.

applebemore · 2007-03-13, 06:58 PM

이분야에서 주로 쓰이는 수학적 알고리즘이나 수치해석 방법들은 어떤게 있나요?

보아하니 클러스터링이나 병렬처리 연산도 필요할듯 싶기도 하구요..

skonmeme · 2007-03-14, 10:38 PM

제가 연구하는 분야네요... 분석방법으로는 쓸 수 있는 것은 다 쓰입니다. Bioinformatics의 추세가 특별히 정해진 분석기법을 요구하지 않습니다.
참고로 저는 통계전공입니다. 관심있으시면 http://bibs.snu.ac.kr에 들려주세요.

lazymale · 2007-03-15, 03:24 AM

skonmeme님..

BIBS 홈페이지 방문 후 질문할 것이 좀 생겼습니다.. ^^

주말이나 밤에 ichat에서 뵙고 싶습니다...

괜챦은지요?

skonmeme · 2007-03-15, 06:32 PM

인용:

lazymale 님이 쓰신 글

skonmeme님..

BIBS 홈페이지 방문 후 질문할 것이 좀 생겼습니다.. ^^

주말이나 밤에 ichat에서 뵙고 싶습니다...

괜챦은지요?

시간이 되는데로 iChat에 로그인해 있겠습니다.

sykim · 2007-03-17, 04:05 PM

데이터 분석이 주업무는 아니지만 microarray를 이용한 expression이나 cgh 실험을 직접 수행하고 있고 기본적인 분석은 R, perl, Matlab 등으로 하고 있습니다. 저와 비슷한 일을 하시는 분을 만나니 반갑네요.

2007-03-12, 06:53 PM	#1
lazymale Senior Member Registered: Apr 2002 My Mac: Macbook C2D 2.0 white Posts: 259 오프라인	Microarray Data Mining 분석가 모임 어쩌면 직접적으로 맥과 관련이 없는 글이라 새글 열기가 좀 조심스럽습니다만.. 맥유저들과의 또 다른 형식의 만남을 갖고 싶어 한 번 올려봅니다. 전 국내 기업연구소에서 Microarray expression data를 분석하는 업무를 했었고(작년초까지), 지금은 조금 다른 일을 하지만(회사 사정상), 조만간에 다시 원래 업무로 복귀할 예정입니다. 사실 회사에서는 저 혼자 이 일을 했기에 저 나름대로 논문과 원서를 참고하여 일을 했었지만, 어딘가 부족한 면을 많이 느꼈습니다. 그래서 혹시 맥유저들 중에 microarray 분석업무를 하시는 분이 계시다면 study 모임을 가지고 싶습니다. 현재 학교에서 혹은 현업에서 실제로 data mining 업무를 하시는 분이어야만 서로 도움이 되는 유효한 모임이 될 것으로 생각됩니다. 전공은 무관하구요... 혹 관심이 있으신 분들은 아래 글타래를 형성해 주시면 고맙겠습니다. 따로 연락을 하실 분은 아래 메일이나 iChat으로 메세지 바랍니다. e-mail : macple21@yahoo.co.kr iChat : mgkang21@mac.com __________________ iChat:mgkang21@mac.com Learn and Learn. Enjoy learning and you will feel alive

2007-03-12, 08:22 PM	#2
misterx Senior Member Registered: Sep 2001 My Mac: MacBook Core Duo 2.0 GHz White Posts: 399 오프라인	microarray 이야기가 나와 반가운 마음에 한 자 적어봅니다. 대략 4-5년전에 Microarray 분석을 할 기회가 있었습니다. 당시 R을 사용해서 분석을 했었는데, 지금은 microarray를 다루지 않아 많이 잊어먹었네요. -_-;; study에 참여하지는 않겠지만, 기쁜 마음에 끄적였습니다. 좋은 결실 거두시기 바랍니다. ^^ __________________ Chronology of My Macs ----------------------------- Mac SE > Mac LC > Mac LC II > PowerMac 6100 > (PC) > iBook G3 > PowerBook G4 & PowerMac G4 > MacBook Core Duo 2GHz

2007-03-13, 01:19 AM	#4
lazymale Senior Member Registered: Apr 2002 My Mac: Macbook C2D 2.0 white Posts: 259 오프라인	Microarray란 cDNA 혹은 oligonucleotide가 유리판이나 플라스틱판 상에 배열 형식으로 심어져 있는 chip을 말합니다. 이를 통해 세포나 조직 등의 유전자 발현 변화를 한꺼번에 관찰할 수 있습니다. 아마 전공자가 아니면 쉽게 이해하기 힘들겁니다.. ^^ 죄송합니다. 실력이 없어서 자세히 설명은 못드리겠네요. 자세한 것은 위키피디아(DNA microarray - Wikipedia, the free encyclopedia)를 참조바랍니다. __________________ iChat:mgkang21@mac.com Learn and Learn. Enjoy learning and you will feel alive lazymale 님께서 2007-03-13 01:21 AM 에 수정하셨습니다..

2007-03-15, 03:24 AM	#9
lazymale Senior Member Registered: Apr 2002 My Mac: Macbook C2D 2.0 white Posts: 259 오프라인	skonmeme님.. BIBS 홈페이지 방문 후 질문할 것이 좀 생겼습니다.. ^^ 주말이나 밤에 ichat에서 뵙고 싶습니다... 괜챦은지요? __________________ iChat:mgkang21@mac.com Learn and Learn. Enjoy learning and you will feel alive

2007-03-12, 09:38 PM	#3
applebemore Veteran Member Registered: Mar 2004 My Mac: Intel MacPro Quad Xeon Posts: 997 오프라인	MicroArray가 뭔가요? 데이타 마이닝은 아니지만, 인공신경망+패턴인식+기계학습 일은 좀 했었습니다.

2007-03-13, 01:24 AM	#5
applebemore Veteran Member Registered: Mar 2004 My Mac: Intel MacPro Quad Xeon Posts: 997 오프라인	뉴클레오타이드는 알겠는데 올리고 접두사가 붙으면 뭐가 되는건가요? 신기해서 물어봅니다.

2007-03-13, 02:23 AM	#6
lulupon Senior Member Registered: Aug 2006 My Mac: No macs! Posts: 121 오프라인	올리고라는 접두사가 붙으면 많지 않은 갯수를 의미합니다. 올리고뉴클레오타이드 25mer 하면 25개의 뉴클레오타이드 시퀀스로 이루어진 조각을 의미하죠 ^^ 전공관련분야의 분을 만나게 되서 반갑습니다.

2007-03-13, 06:58 PM	#7
applebemore Veteran Member Registered: Mar 2004 My Mac: Intel MacPro Quad Xeon Posts: 997 오프라인	이분야에서 주로 쓰이는 수학적 알고리즘이나 수치해석 방법들은 어떤게 있나요? 보아하니 클러스터링이나 병렬처리 연산도 필요할듯 싶기도 하구요..

2007-03-14, 10:38 PM	#8
skonmeme Senior Member Registered: Dec 2005 My Mac: Macbook Posts: 165 오프라인	제가 연구하는 분야네요... 분석방법으로는 쓸 수 있는 것은 다 쓰입니다. Bioinformatics의 추세가 특별히 정해진 분석기법을 요구하지 않습니다. 참고로 저는 통계전공입니다. 관심있으시면 http://bibs.snu.ac.kr에 들려주세요.

2007-03-17, 04:05 PM	#11
sykim Member Registered: Jan 2006 My Mac: Xserve, iMac, Powerbook, Macbook Pro Posts: 35 오프라인	데이터 분석이 주업무는 아니지만 microarray를 이용한 expression이나 cgh 실험을 직접 수행하고 있고 기본적인 분석은 R, perl, Matlab 등으로 하고 있습니다. 저와 비슷한 일을 하시는 분을 만나니 반갑네요.

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