seungjin

일전에 애플과 HCI라는 글타래를 보았는데요,

Bioinformatics 하시는 분들도 맥을 많이 쓰시는거 같던데, 아니 biology쪽에서 많이 쓰죠(상대적으로 타 분야에 비해).

전 전공이 Bioinformatics는 아니였지만, 어이 어이 하다가 지금 bioinformatics분야에서 일을 하고 있네요. 하는 일은 bioinformatcs에 직접 연관된건 아니고, infrastructure와 웹개발쪽이지만, bioinformatics data를 다루고는 있습니다(아주 조금).

혹시 한국분으로 애플을 쓰시면서 Bioinformatics에 종사하시는 분들이 있었으면, 어느정도인지 알고 싶어서 글을 남겨 봅니다. 혹시 Bioinformatics에 종사하시거나, 관심있으신분들 인사나누길 기대합니다.

forzamilan

HCI 볼때마다 hot carrier injection이 생각나네요...움찔.

memswap

예전에 새내기 시절 HCI를 H+C+"L"로 보고 '염산(HCl)'인가;; 했죠;;; 찔;;;

----

아;; 그보다 Bioinformatics는 어떤 건가요? ~_~ 이름은 상당히 멋진데 쉽게 뭘 다루는지 감이 잘 안오네요 ㅎㅎ

__________________
백만해커양병론 - 국가전산보안부대 창설을 건의합니다!

ntrolls

간단히 설명하자면 Computer Science와 Biology의 사이에 있는 학문입니다. 생물학 실험에서 얻은 방대한 양의 데이터를 컴퓨터로 어떻게 처리할 것이냐 하는 게 주된 문제죠. 저는 bioinformatics와는 관계가 없는 분야에서 일하고 생물학엔 문외한인지라 간단한 예만 들겠습니다. 인간 게놈 프로젝트같은 DNA 염기 서열을 연구하는 실험을 할 때, 처음부터 길게 이어진 염기 서열을 알 수 있는 것이 아닙니다. 조각조각이 나오죠. 이걸 순서대로 맞추는 데에 string algorithm들이 쓰인다거나 하는 응용 분야가 바로 bioinformatics입니다.

알고리즘적인 측면에서는 맥이나 다른 컴퓨터나 별로 다를 바가 없습니다. 바이오인포매틱스 분야에서 맥이 많이 쓰인다고 하면, 오히려 생물학과 접목된 분야이다보니, 마치 디자이너들이 맥을 쉽게 받아들였던 것처럼 맥OS의 편리함을 보여주는 예가 아닌가 싶네요.

seungjin

살짝 링크 하나 걸어 두어 봅니다.

Apple - Science - Software for Science - Life Science

Apple - Science - Science Solutions - Genomics and Proteomics Research

Apple - Science - Why Mac for Science

사실 싸이언스 혹은 biology/bioinformtics 라고 반드시 맥을 쓰거나 맥을 쓰지 말아야 한다는것은 없습니다. 맥도 그 쓰임에 지장이 없다라고 바꾸어 말할수 있는거죠.

hsk1385

현재 Bioinformatics랩에서 학문을 배우고 있는 학부생입니다만 CLCBench와 같은 괜찮은 Mac용 Program도 있는 것 같습니다만 국내에서는 bioinformatics에서 Mac을 거의 사용하지 않는것이 현실입니다. (사실 국내에 Bioinformatics 관련 랩이 적긴 합니다.)

저야 아직 아주 기초적인 것을 공부하고 있는 입장이지만 기초적인 것에서도 좀 불편한 것이 있는 것 같습니다.

가장 많이 쓰는 Molecular Viewer인 DS viewer Pro와 같은 프로그램을 대체할 만한 프로그램도 몇 개 없습니다만 상당히 버그가 많은 편입니다. Swiss-Pdb Viewer for Mac버전의 경우 Color 수 제한의 문제 때문에 상당히 불편하고 JMol같은 Freeware도 상당히 긴 sequence를 가진 Protein의 경우 프로그램 자체가 다운되는 현상이 발생합니다. (이는 CLCBench에서도 마찬가지더군요)

Bioinformatics에서 상당히 중요한 부분인 Python Environment상에서는 Mac 환경이 문제가 되진 않습니다만, 사실 Database에서 data를 다루는 과정은 문제가 없지만 역시 몇몇 DB의 경우 Web Browser을 통해 Biological Property를 살펴볼 경우 호환성의 문제가 발생합니다.

제가 국내에서 공부하는 바람에 Windows 환경에 맞춰진 Tool로 공부를 하다보니 아직 Tool을 모두 Mac으로 전환하지 못해서 그런것일 수도 있겠지만 맥이 그 쓰임에 지장이 없다고는 못하겠습니다

__________________
반갑습니다! Mac을 사랑하는 예비 Biologist입니다~

seungjin

세상에 그 어떤 랩도 맥만 쓰는 곳도 맥만 써야 하는 곳도 없습니다.
그리고 반대로 세상에 그 어떤 랩도 윈도우만 써야 하는곳은 없습니다 (이부분은,, 솔직히,, 한국의 환경상.. 희망사항이겠네요.)

가장 좋은 랩은 다양한 도구들이 공존하는 랩이겠죠.
맥이 그 쓰임에 지장이 없다는것은 모든 것에 대한 것이 이니라,
자기의 맡은바 임무에 대해서 지장이 없다는 것이 였습니다.

그리고 우리나라의 경우, 그 특이성에서 맥의 쓰임이 지장이 없다는건 맞지 않는 표현임을 인정합니다. 그러나 그건 비단 bio 쪽만의 문제가 아니겠지요. 오죽하면 이곳의 이름이 "괴로운 한국 맥사용자를 위한" 애플 포럼이였을까요 :-)

sykim

저는 미국에서 2년의 PostDoc 생활동안 맥을 처음 접하고 나서 맥의 사용편이성과 리눅스와의 호환성에 인상을 깊게 받았습니다. 그전 한국에 있었을 때는 윈도우와 리눅스를 사용했는데 양쪽을 이동하면서 일하는 것이 쉽지는 않았습니다.
지금은 귀국해서 제 실험실을 맥으로 도배하고 (Xserve 1대, iMac 2대, MBPro 1대) 모든 일을 맥해서 하려고 노력하고 있습니다. 아시다 시피 연구비 신청같은 공문서 작성은 HWP를 써야하는 관계로 Windows 한대는 필요합니다.
제가 full time bioinformatician은 아니지만 하는 일의 일부가 bioinformatics와 관련된 일이라 맥을 bioinformatics 연구에 사용한다고 말할 수 있을 것 같습니다. 실험데이터를 FileMaker Server를 이용하여 DB로 만들고 perl, PHP 등을 이용하여 분석 application을 만들고 있는데 리눅스를 사용할 때보다 많은 부분들이 관리자의 손을 안거쳐져도 되기때문에 저같은 소규모 랩 운영자에게는 최적의 시스템인 것 같습니다. 예를 들면 복잡한 설정없이도 리눅스 서버의 application이 ssh를 통하여 제 MBPro 화면에 뜨니 설정이나 관리에 머리 아프지 않고 저는 제 아이디어에 좀 더 신경을 쓸 수 있지요. 기존 linux application을 맥으로 가져오는 것도 쉽구요.
생물학 뿐만 아니라 bioinformatics 분야에도 적극 맥을 추천합니다. 사실 제가 아는 bioinformatician 한 분도 맥 신봉자입니다.

bosswin00

제 렙(뭐.. 개인적인 실험을 하지만 지원을 받고 있기에..)은 의학에 관련된 실험이나 조사를 하기에 분야를 나누어서 윈도우와 맥을 나누어 쓰고 있는데, 데이터를 통합할때 어디서 해야할지 망설여지는게 현실입니다.
아이팟을 가지고 수술실에 들어가서 이것저것 데이터를 보기위해서는 맥에서 해야하고. 조교가 관리하는 자료들은 윈도우에서 정리가 되어있고. 뭐.. 하는 수 없이 매인윈도우피시와 맥에서 이분화해서 관리하기는 하는데 여간 귀찮은게 아니더군요.
윈도우와 맥을 같이 이용할때는 어떻게 자료통합을 하시나요??

바이오라는 말이 들어가있기에 의학도 되려나 하고 글 남겨 봅니다.
면역체계에 관련되서 연구를 하고 있습니다.

__________________
아이들을 조심합시다!
관련글타래

sykim

저는 이렇게 해결했습니다. 조교에게 맥을 사주고 윈도우를 뺏으면 됩니다.

bosswin00

어느 나라든 원하는데로 연구비를 주는 나라는 없지 않습니까?

__________________
아이들을 조심합시다!
관련글타래

sykim

아~ 연구비. 저 같은 연구자들에게는 퇴직할 때까지 따라다니는 업보같은 말이죠.
올해 연구비가 해결되면 다시 내년을 고민해야하고 사람 한사람 뽑을 때마다 과연 내가 언제까지 이 친구의 월급을 줄 수 있을지를 계산해야 하죠. 돈이 있어도 맥을 사기 위해서는 다시 구매팀과 여러번 전화를 해야 합니다. (애플 코리아는 결재를 먼저하라고 하고 구매팀은 납품을 먼저하라고...)
하지만 어쩌겠습니까? 이상은 저 많지 앞에 있지만 현실은 적당한 곳에서 타협하라 하니까요.

seungjin

>>"사람 한사람 뽑을 때마다 과연 내가 언제까지 이 친구의 월급을 줄 수 있을지를 계산해야 하죠."

연구능력과는 무관하게 Grant가 모자르기 때문에, 아쉽게 떠나시는 과학자분들을 보면 가슴 뭉클한게 사실입니다.

lekman

저는 CS에서 Bioinformatics를 전공하고 있습니다. 주로 clustering 관련 알고리즘 개발을 하고 있죠...
CS관점에서 아니.. 프로그래밍 관점으로 볼 때 맥은 장단점이 있습니다.

가장 기본적인 것만 예를 들어보겠습니다.
먼저 장점?은 같은 gcc를 사용해도 같은 플랫폼에서 linux gcc보다 빠르다는 것입니다.
상당히 신기하죠 같은 소스코드와 같은 데이타를 이용하는데 수행시간이 빠르다는게....
이것은 아마 compiler의 optimization이 더 잘된게 아닌가하고 생각해봅니다.
그리고 인텔컴파일러 icc를 사용하면 성능은 아주 환상적입니다.

하지만 프로그램이 많은 메모리를 차지하는 경우에는 오히려 맥에서 퍼포먼스가 떨어집니다.
왜냐하면 메모리에 있던 기존 현재 안 쓰는 데이타가 inactive로 변경이됩니다. 이것은 잦은 프로그램 실행시나
반복적인 콜을 할 때 더 빠르게 로딩이 될 수 있지만.. 그렇지 않은 경우에는 캐쉬에 남아 있던 메모리가
스왑형태로 변경되기 때문에 시스템 퍼포먼스에 상당히 영향을 주게 됩니다.
스왑까지 가게 되면 바로 메모리에서 내려 버리면 좋을텐데 그렇게 하지 않더군요

제가 현재 사용하는 MacPro에는 8개의 cpu와 8GB의 메모리가 있습니다. 각 프로그램당 대략 2기가 조금 안되게 사용하는데
4개의 프로세서를 사용못합니다. 3개정도만 사용합니다. 하지만 같은 플랫폼에서 리눅스를 사용하면 4개를 문제없이
사용하죠... 맥에서 메모리 매니지먼트는 명확하지 않게 보입니다. 이것이 전 좀 불만이죠 ^^
아마 이것은 단순한 장단점 비교일 것입니다. 하지만 많은 계산용 프로그램을 사용하면서 느낀 저의 생각은
계산용 프로그램은(저같이 알고리즘 개발하고 프로그램 짜고 주로 터미널에서 작업하는) 리눅스에서 여러모로 더 나은 것 같습니다.
그렇다고해서 맥에서 리눅스에서 사용하는 프로그램을 못 사용하는 것은 절대 아닙니다.
macport를 사용하면 아주쉽게 패키지를 관리할 수 있고요 그렇지 않은 경우에는 직접 컴파일 해서 사용하면됩니다.

맥은 약간의 부족함이 있지만 정말 잘 만들어진 OS임에는 틀림없습니다.
하지만 맥오에스가 엔터프라이즈 서버급 환경을 지원하기에는 소프트웨어에서 아직 넘어야 할 산이 많은거 같습니다.
그리고 bioinformatics를 하시는 분들 중에서 서버를 잘 다루지 못하거나 지식이 부족하신 분들께는 주로 맥을 권하고 있습니다.
리눅스는 초보자들이 하기에는 너무 할 것이 많죠 특히 보안쪽은 더 그렇죠.. 하지만 맥은 기본만 해 주면 자동으로 보안쪽은
업데이트 되니까 오히려 초보분들께는 더 나은거 같습니다.

바이오인포매틱스 하시는 분들 만나서 반갑습니다.!!

ybkim108

오.. Bioinformatics 를 하시는 분을 보니 반갑군요. 한국에서의 전공은 약학이고 미국에서의 전공은 Computer Science 인지라 자연스럽게 Bioinformatics 쪽을 하게 되었고 저는 Proteomics 쪽의 Database 나 Data warehouse 를 만들고 있습니다. 약학이나 컴싸 모두 뭐 다른 분들보다 실력이 일천해서 저 자신은 박쥐라고 생각하고 있습니다. ^^ 지금은 Bacteria detection system 과 antibody 를 만드는 회사에서 잡다하게 일을 다하고 있습니다만 언젠가는 Bioinformatics 를 제대로 하게 될 날이 오겠죠. ^^ 원래 미국은 Medical Informatics 를 해볼까 하고 왔었습니다. 이쪽의 선두인 Stanford 에서 비싼 일주일짜리 코스도 받아서 certificate 도 있습니다 (스탠포드 쪽의 오타로 제 타이틀이 M.D. 로 되어 있습니다. 참석한 사람들이 저 하나 빼고 모두 의사라.. 덕분에 한국에 가져가면 유령의사 행세하기 딱 좋습니다. Stanford Medical School 철인이 딱 찍힌 M.D. 라고 쓰여 있는 certificate 라서.. ^^)

직장에는 현재 PowerMac G5 dual 2 ghz 가 있는데 여기에 MySQL 을 올려서 DB server 로만 활용하고 있습니다. 어쨋든 저도 반갑습니다. ^^

(요즘 제가 있는 학교에서 맥북 세일을 과도하게 해서 맥북을 하나 구입하게 될 것 같습니다. 검정색 맥북 Core 2 Duo 2.2 Ghz 가 999불 !!)

__________________