| 2004-12-01, 11:22 PM | #1 |
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생명과학관련 프로그램들...
misterix님 (?) 이 iPaper를 소개해주신 일에 자극을 받아 저도 제가
사용하고 있는 프로그램들 몇 가지를 소개해 드리려 합니다. 사실은 소개를 핑계로 제가 알지 못하고 있는 다양한 프로그램들을 소개 받고자 하는게 본심이기도 합니다. 제 경우 version tracker를 통해 프로그램들을 찾는 편인데 iPaper의 경우 version tracker에 등록이 안되어 있더군요, 그래서 이런 글타래를 하나 만들어서 서로 도움을 주고 받았으면 해서 만들어 봅니다. 1. MacVector Vector map제작 및 DNA, RNA, protein seq. 분석은 물론 PCR primer 설계등 다용도로 사용이 가능한 프로그램입니다. web을 이용하지 않고 blast같은 data base검색도 자체내에서 가능하게 해주고 align 분석등 기능이 상당히 많지만 그만큼 약간 기능이 약하다라는 느낌도 있습니다. 하지만 제가 가장 자주 사용하는 프로그램입니다. 2. Oligo 제 경험상으로는 PCR primer설계에 있어서는 가장 훌륭한 프로그램같습니다. 단점은 더무 고가라는 점이지만 나머지부분은 상당히 훌륭합니다. 3. Enzyme X restrction enzyme DB입니다. 각 enzyme별로 restriction site를 보여주고 적절한 buffer 및 isoschizomer도 보여주기 때문에 상당히 편리합니다. 4. KaleidaGraph (SigmaPlot, CricketGraph) 제 전공이 순수 생명과학이 아니라 응용의 성격이 강한 생명공학쪽이라 그래프를 상당히 많이 그리는 편입니다. 예전에는 CricketGraph, SigmaPlot을 주로 사용했지만 이들 프로그램이 더 이상의 업그레이드나 OS X을 지원하지 않고 있기에 현재에는 KaleidaGraph를 주로 사용하고 있습니다. 얼마전에 Igor Pro역시 업글이 이루어진 것 같은데 사용법이 너무 어렵다고 느껴 포기중입니다. 5. ImageJ 단순하다고 볼 수 있지만 나름다로 다양한 기능을 가진 image 분석 프로그램입니다. 상당히 많은 기능을 제공하지만 제 경우 Image quantification 목적으로만 사용했습니다. 6. PDQuest 지금 현재 가장 욕심을 내고 있는 프로그램입니다. 2D gel 분석용 프로그램인데 맥용과 PC용을 둘다 지원합니다. 그래서 제가 Z3나 Melanie보다 더 좋아하죠. 문제는 고가라 아직 구입은 못하고 trial을 계속해서 깔아가며 사용중입니다. 이외에고 앞서 글타레에 답글로 단 LabAssistant도 있고 ChemOffice등도 있는데 이건 다들 잘 아실것 같아 생략합니다. 이것들 말고도 유용한 프로그램들이 많을 텐데 소개해 주시면 대단히 감사하겠습니다. |
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| 2004-12-02, 09:45 AM | #2 |
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저는 DNASTAR Lasergene을 주로 사용합니다.
Lasergene에는 DNA work에 필요한 거의 대부분의 프로그램들이 포함되어 있는데 (primer 제작, sequence edit, restriction map 등등), 특히 primer를 제작하기에 정말 편리합니다. 하지만, 일반인에게도 무료로 제공해주는 지는 잘 모르겠습니다. 제가 있는 곳은 무료로 아이디를 발급해주고 있거든요 ![]() 또한, NoodleBox님 처럼 Image J와 Enzyme X도 잘 사용하고 있구요 (프리웨어니까), 그래프는 그동안 Virtual PC에서 SigmaPlot으로 작업한 후에 Mac으로 불러들이는 방법을 사용했었는데 (PC에서 SigmaPlot을 너무 오랬동안 사용해서 그런지 다른 프로그램은 불편하더군요), NoodleBox님이 사용하시는 KaleidaGraph를 한번 사용해 보려고 합니다. |
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| 2004-12-02, 10:09 AM | #3 |
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저는 kaleidagraph 와 Prism을 둘다 사용하지만
Prism이 더 사용하기에 편한거 같습니다. Image J 가 osX 용으로도 있나요? 한번 시도해 보긴했지만 ImageQuant 만큼 편하지가 않은거 같습니다. Quantification 할때는 어쩔수 없이 windows에 있는 IamgeQuant (Molecular Dynamics)를 사용합니다.
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New Haven, CT, 06520 숭배하라! 나에게 평화와 사랑이 있다. 나에게 복종하는 자에 영광이 있으니리니 모두들 나를 따르라. 나는 곧 법이다. 너의 모습을 똑바로 보아라. 나의 멋진 한마디에 박수를 치고 너의 모든 걸 내게 바쳐라! (015B, The Sixth Sense, 독재자, screamed by 이승환) |
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| 2004-12-02, 10:36 AM | #4 |
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저는 Image J를 Western blot의 band를 quantitation에 사용하고 있는데 많은 사람들이 사용하고 있고 꽤 괜찮습니다. 이밖에 radiation (32P, 14C 등)을 사용한 것들의 quantitation은 Fuji Film Science Lab 99의 Image gauge를 사용하고 있습니다. 아쉽게도 이 프로그램은 OS 9용 밖에 없는 것 같더군요. |
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| 2004-12-02, 11:14 AM | #5 |
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저도 한번 써 볼까 합니다.
PC만 사용하다가 얼마전에 미국으로 오면서 맥으로 스위칭을 일부 했는데요.. 일단 MacVector를 사용하고요.. 그다지 많이는 사용하지 않고 있습니다만. 제일 많이 쓰는 것은 역시 VectorNTI 죠.. DNA, 단백질 정리 및 분석 등에는 정말 좋은 프로그램인 것 같습니다. 고가라는 단점을 빼고는요.. 전 한국에서도 구입해서 사용했었고(PC), 여기 와서는 병원에서 제공해 주기 때문에 잘 쓰고 있습니다. 그 다음으로 많이 쓰는 것은 시퀀싱 결과분석 시에 사용하고 있는 Sequencher 라는 프로그램입니다. 시퀀싱 결과와 원본 DNA 시퀀스를 넣고 비교해서 확인할 수 있을 뿐 아니라.. abi 화일도 읽어줄 수 있어서 아주 좋은 것 같네요.. 엔드노트도 사용하고... ipaper도 얼마전부터 쓰고 있습니다..
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| 2004-12-02, 11:33 AM | #6 |
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kaleidagraph 세일 합니다.
참고 하시기 바랍니다. KaleidaGraph Quarterly Happy Holidays from Synergy Software! In this edition of 'KaleidaGraph Quarterly' we are featuring: A Technical Tip: Curve fitting is a complex topic that every scientist, researcher and engineer needs to understand. We have developed a Curve Fitting Resource Area to help you with your questions. Find out more below. A Special Offer: We’re selling KaleidaGraph at 2002 prices. Are we crazy? A Special Offer There's never been a better time to purchase KaleidaGraph. Buy KaleidaGraph now (through December 23) and pay 2002 prices. Corporate Single User licenses are normally $180, now $155 Academic Single User licenses are normally $125, now $99 저 역시 Vector NTI를 선호합니다. 하버드에서는 사이트 라이센스 (액티브라이센스인가요?) 를 통해서 사용할 수 있더군요. 저는 그냥 Demo 버전을 사용하고, 프린트는 image capture 를 이용, pdf 로 출력합니다. (처절합니다 .....) ![]()
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| 2004-12-02, 01:32 PM | #7 |
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저 역시 Vector NTI를 선호합니다.
하버드에서는 사이트 라이센스 (액티브라이센스인가요?) 를 통해서 사용할 수 있더군요. 저는 그냥 Demo 버전을 사용하고, 프린트는 image capture 를 이용, pdf 로 출력합니다. (처절합니다 .....) New Haven, CT, 06520 ---------------------------------------------------------------- 예일에 계시는가 봅니다.. ^^ 코네티컷 뉴 헤븐인것을 보니.. ^^ 맞습니다. 하바드는 vectorNTI를 dynamic license로 전부 사용할 수 있게 해줍니다. 엔드노트도 무료로 제공하고. MS 제품(오피스) 등과 sequencher를 모두 사용하게 해주죠.. Sequencher의 경우. 상당히 좋지만. keyAcess를 해야하는 방식이라서 외부에서는 사용을 못한다는 그런 점이 있더군요... 근처에 계시는 분이 있다니 반갑습니다..
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| 2004-12-02, 07:13 PM | #8 |
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jellyfish 라는 프로그램도 있죠 윈도우 플랫폼에서 자주 섰었는데 맥버전도 있군요 전에는 날짜를 바꿔주면 계속 트라이얼 버전을 쓸수 있었는데 요즘은 잘 모르겠군요 요즘은 잘 안해서..
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| 2004-12-03, 03:07 AM | #9 |
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VectorNTI나 LaserGene을 사용하시는 분들도 많이 계시는군요.
아쉽게도 저희 학과는 이러한 프로그램들에 대한 lisence가 없는 관계로 사용을 못합니다. 물론 VectorNTI는 PC용이기에 더더욱 그렇구요. 제가 MacVector를 이용하는 이유는 편법으로 계속해서 trial version을 사용할 수 있다는 점도 한가지 이유입니다. 사실 돈이 거의 없는 학생인지라 제가 사용하는 프로그램들은 대부분은 freeware이거나 trial version을 계속 사용할 수 있는 것들이 대부분입니다. 한가지 더 소개하자면 java를 바탕으로 만들어진 SequenceAnalysis도 상당히 괜찮습니다. ORF, restriction site의 분석등 기본적인 DNA, protein 서열 분석에 상당히 유용합니다. MacVector 파일이나 DNAstrider등 다양한 파일 포맷을 읽어들일수 있다는 장점도 있구요. 단점은 vector map을 그리는 기능이 없고 java base다 보니 다른 프로그램들에 비해서 상당히 속도가 느리다는 점도 있습니다. 말씀해주신 프로그램들 중에 sequencher라는 프로그램이 상당히 매력적으로 여겨집니다. 물론 sequencing file과 원 sequence file을 align으로 분석하는 방법도 있지만 전용으로 사용할 수 있다는 점이 편리할것 같다는 생각이 많이 드네요. 맥용으로는 DNA chromatogram을 읽어들이고 분석하는 4peak같은 프로그램이 있기는 하지만 이 녀석은 서열비교는 못해주는 걸로 알고 있거든요. 그럼 애포 가족 여러분들이 더 좋은 댓글을 기대하면서... 이만...
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Ph. D. Chang Hoon Rhee, Pharmaceutical Formulation Development and Analysis. Medy-Tox, Inc. |
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| 2004-12-03, 04:02 AM | #10 |
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^^.. 뭐 프로그램이라고 하기엔 뭐하지만 애플에서 제안하는 bioinformatics 관련 제품이 있군요. Bioteam에서 만든(?) iNquiry 솔루션을 탑재해서 판매를 하는군요.
http://www.apple.com/xserve/cluster/workgroupcluster/
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오늘도 행운이^^... |
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| 2004-12-03, 08:45 AM | #11 |
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말씀해주신 프로그램들 중에 sequencher라는 프로그램이 상당히 매력적으로 여겨집니다.
물론 sequencing file과 원 sequence file을 align으로 분석하는 방법도 있지만 전용으로 사용할 수 있다는 점이 편리할것 같다는 생각이 많이 드네요. ---------------------- Sequencher 가 아주 유용한 것은 사실입니다.. PC 용과 Mac OS X용을 모두 지원하는 점도 아주 좋구요.. 라이센스가 없으시다면..(라이센스라기 보다. 이걸 구동하기 위한 KeyAccess가 되어야 합니다. 이게 문제죠..) 데모로 사용해 보시길.. 굳이 시퀀스 확인만 하고 그걸 저장하실 이유가 없다면(보통 확인하면 적어 두시면 끝이지요.) 데모로도 충분한 것 같더군요.. http://www.genecodes.com/sequencher/ 웹사이트입니다. 한번 사용해 보세요..
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