저는 작업하는 영상들의 원본은 ProRes 또는 원본코덱 그대로(DV, HDV, DVCPRO-HD 등)으로 보관하고
배포할때는 h.264로 인코딩한 mov 파일이나 wmv 파일(윈도우 유저들을 위한-ㅅ-)을 이용합니다.
물론 아이팟용을 위한 mp4 또는 m4v 파일도 따로 보관합니다.
예전에 DivX이나 Xvid 같은 코덱들에게도 관심을 가져봤는데 제 결론은 비표준 코덱은 사용하지 말자-_-였습니다.

여러가지로 실험해본 결과 h.264가 다방면에서 가장 효율적인 코덱이 아닌가 싶습니다. (맥 유저들의 경우;; )
+ 모든 인코딩 작업은 인코더의 종류와 기타 옵션(디인터레이스, 리사이즈 등등)에 따라 품질에서 생각보다 매우 큰 차이가 발생합니다.