자답하게 되네요.
sudo tlmgr update --all <-- 이게 문제였습니다.
터미널에서 TeXlive manager를 이용해서 패키지 업데이트를 함부로 하면 안 되겠더군요.
특정 패키지를 업데이트하면 설정이 꼬여서 에러가 발생합니다.
(맥이라 그런 건지... ㅠ.ㅠ)
암튼, 깔린 그대로 + TeXlive manager로 터미널에서 kotex 설치를 하면 한글도 잘 되고 XeTeX도 원활하게 잘 돌아갑니다.
문제는, 나눔고딕과 나눔명조가 맥용이 글꼴이 이상한지 XeTeX 컴파일하면 에러를 계속 토해낸다는 겁니다. 서울남산체/한강체/윤디자인 윤고딕, 윤명조 다 잘 되는데 말이죠. 쩝...
나눔체는 한자 문제로도 고생시키더니만... ㅠ.ㅠ