요즈음 나오는 배터리는 완전 방전 후 완전 충전의 개념은 없어졌다고 알고 있는데요.
오히려 너무 오래 충전하지 않는 것이 문제가 된다고 하더군요.
http://www.apple.co.kr/batteries/ ← 여기 참조.
(여기 어딘가의 글타레에 관련 글이 있었던 것 같은데 기억이 나질 않는군요.

)
그냥 휴대폰처럼 그냥 그 때 그 때 충전해도 수명에는 문제가 없을 듯 싶습니다.
저도 아이팟 3G건 셔플이건 그렇게 사용하고 있고요.
저는 3G는 싱크를 해도 충전이 안되어서 배터리가 얼마 남지 않은 상태에서는 싱크하기도 부담스러운데 반해 셔플은 충전이 되는게 오히려 마음에 들고 말이죠.
